Karya Yayasan Alfons Suwada Asmat dimulai dari perhatian Keuskupan Agats-Asmat terhadap masyarakat yang menderita berbagai penyakit seperti kusta, defisiensi gizi, dan HIV/AIDS. Minimnya akses pelayanan kesehatan dan ketersediaan finansial menjadi penghalang terbesar untuk masyarakat Asmat mendapatkan kesehatan yang prima.
Untuk itu, Keuskupan Agats-Asmat mendirikan YASA, dikhususkan untuk melayani mereka yang membutuhkan penanganan kesehatan; diprioritaskan untuk wabah kusta di Desa Mumugu. Pada 2011, kusta menyerang ratusan warga di 11 kampung di tiga distrik kabupaten Asmat. Pada 2020, wabah kusta ditekan hingga tersisa beberapa penderita saja.
Tanpa meninggalkan pelayanan bagi mereka, karya YASA juga bergerak membantu para penderita HIV/AIDS di Asmat. Sekarang ini, YASA menyediakan sebuah rumah singgah untuk para penderita HIV/AIDS. Kondisi rumah singgah yang sekarang dinilai kurang memadai untuk melayani para pasien. YASA sementara mengumpulkan sumber daya untuk pembangunan rumah singgah yang baru; yang lebih besar dan layak.
Yayasan Alfons Suwada Asmat juga sudah berkolaborasi dengan beberapa pihak. Bekerja sama dengan Pemerintah Kabupaten Asmat, YASA menanggulangi wabah kusta, memfasilitasi pendidikan usia dini, juga mengadakan program pemberdayaan masyarakat. Dalam pembangunan rumah singgah kusta di Karbis, YASA bekerja sama dengan Kompas Gramedia Group. Untuk penderita HIV/AIDS, Yayasan Alfons Suwada Asmat bekerja sama dengan Badan Amal Kasih Katolik (BAKKAT) Keuskupan Agung Jakarta, mendirikan sebuah rumah singgah. YASA juga bergandengan dengan KOMPAK (Kolaborasi Masyarakat dan Pelayanan untuk Kesejahteraan) untuk menangani HIV/AIDS. Program-program yang terintegrasi juga dijalankan bersama komisi-komisi Keuskupan Agats-Asmat untuk mengatasi isu kesehatan dan kemanusiaan lainnya.
YASA resmi terdaftar sebagai badan hukum sesuai Pengesahan Pendirian Badan Hukum Yayasan Alfons Suwada Asmat oleh Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia NOMOR AHU-0000417.AH.01.04.TAHUN 2015. Adapun NPWP dari YASA: 70.715.102.3-956.000. Segala donasi kepada YASA dikelola dan dipertanggungjawabkan menurut hukum.